Un sous-marin glisse entre deux eaux. A bord un homme de l’équipage signale que ses instruments ont repéré la cible. Après avoir enregistré la position de la cible, le commandant Whitaker donne des ordres. Le médecin du bord, le lieutenant Steven Albright, vient l’aviser que le commandant en second reste introuvable et que la porte de sa cabine est verrouillée. Le commandant délègue un autre officier pour le remplacer et se rend devant la porte de la cabine du lieutenant Pierce. Le lieutenant ne répond pas. Un coup de feu pousse le capitaine à défoncer la porte d’un coup de pied. Le lieutenant Jason Pierce git au sol, dans une mare de sang, un révolver dans sa main. Le capitaine constate la mort de son lieutenant et note une bouteille de vodka vide sur une table.
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Le lieutenant Steven Albright, sonne à la porte de Nathalie. Lorsqu’elle ouvre sa porte, elle le reconnaît et lui saute dans les bras, heureuse de le retrouver. Ils ne se sont pas revus depuis le service commémoratif en l’honneur du mari de Nathalie, il y a neuf ans et demi. Sur une photo, Steven trouve Julie magnifique. Nathalie lui apprend qu’elle est en vacances chez sa mère. A ce moment, Monk sort de la cuisine, Nathalie présente l’ancien ami de Mitch à son patron.
Le lieutenant avoue qu’il est venu rencontrer Monk. L’un de ses amis, le commandant en second, Jason Pierce, est mort la semaine précédente. Il explique que la police a conclu à un suicide et trouvé de l’alcool dans son sang. Il est perplexe car son ami était sobre depuis neuf ans, d’autre part l’examen médical qu’il a pratiqué sur lui trois semaines auparavant n’a fait apparaître aucune trace d’alcool dans le sang. Il ne croit pas à une rechute d’autant plus qu’ils avaient décidé d’aller ensemble à un match après leur débarquement et Jason ne paraissait pas dépressif.
Tout en rangeant des fruits dans une corbeille, Monk se fait confirmer qu’il y a eu une enquête et que le NCIS a conclu à un suicide. Steven lui demande de venir à bord pour se faire une opinion. Nathalie se précipite pour prendre son sac mais Monk se montre beaucoup moins enthousiaste. Il ne peut monter sur un navire. Nathalie arrive à le convaincre. En arrivant à l’embarcadère, Monk constate avec plaisir que les membres de l’équipage ne se touchent pas la main mais se saluent. Puis il se rend compte qu’il ne s’agit pas d’un bateau et panique pendant que Steven présente le sous-marin avec fierté. Nathalie entraîne Monk qui énumère tout ce qu’il risque et craint : asphyxie, hypoxie cérébrale, embolie gazeuse, différents virus…
Monk est descendu dans le sous-marin les yeux fermés. Dans la cabine de Jason Pierce, Steven explique que le commandant Whitaker a lancé un exercice-surprise. Le second ne s’est pas présenté, Steven et le commandant sont venus le chercher. En arrivant devant la cabine ils ont entendu une détonation venue de l’intérieur de la pièce verrouillée, le capitaine a défoncé la porte, Jason était étendu par terre.
Monk, pris par l’enquête, apprend que l’unique clé de la cabine était dans la poche de Jason. Monk découvre un petit bout de plastique recouvert d’adhésif, il le porte à ses narines et reconnaît une odeur de poudre.
Une sirène accompagnée d’une lumière rouge se met à sonner. Un matelot leur apprend que le bâtiment prend le large pour une lutte anti-sous-marine. Il s’agit d’un entraînement simulant un exercice d’urgence. Monk est rapidement perturbé. Le capitaine ordonne la fermeture de l’écoutille et une immersion à 75 mètres.
Monk court dans les couloirs du sous-marin, bouscule les hommes de l’équipage en cherchant la sortie. Trois matelots sont nécessaires pour le maîtriser et le décrocher de l’échelle sous l’écoutille puis l’emmènent au poste de commandement. Le lieutenant Steven Albright est obligé d’avouer qu’il a demandé à Monk de venir enquêter sur le décès de Jason Pierce. Le commandant signale à Steven qu’il lui a adressé le rapport du NCIS qu’il n’a vraisemblablement pas lu. Monk et Nathalie essaient de convaincre le commandant de les débarquer n’importe où pour qu’ils puissent prendre un taxi. Le commandant, courroucé, déclare que l’exercice simule une attaque anti-sous-marine. Le navire est en guerre et ne peut être dévié de son trajet. Monk et Nathalie seront donc les invités de l’US Navy jusqu’à la fin de la manœuvre qui devrait durer 4 à 5 jours. Voyant son patron très perturbé par cette annonce, Nathalie explique au commandant qu’il lui faut faire demi-tour et les ramener, car dans un endroit confiné et sous l’eau de plus, Monk va craquer d’une seconde à l’autre et échapper à tout contrôle. Imperturbable le commandant demande au lieutenant Albright d’emmener ses amis au quartier des officiers.
Plus tard, apparemment plus calme, Monk a une vision du docteur Neven Bell. Il lui dit qu’il est rassuré par sa présence car il se sent comme dans l’estomac d’une énorme bête, qui l’aurait entièrement avalé, en train de le digérer. Le docteur Bell le rassure en lui expliquant qu’ils allaient traverser cette épreuve ensemble et qu’ils vont la gérer un jour après l’autre, une heure après l’autre. Nathalie et Steven, assis dans un coin, regardent Monk monologuer. Le docteur Bell trouve que Monk se conduit en héros, malgré sa claustrophobie aigüe et le félicite. Monk avoue qu’il doit se montrer courageux pour rassurer Nathalie. Steven confie à Nathalie que la stratégie d’adaptation de Monk qui s’appuie sur son thérapeute lui paraît sensée. Le docteur Bell conseille à Monk de rester occupé, concentré sur l’enquête.
A sa demande, Steven met Monk en liaison radio avec Randy Disher pour lui demander de rassembler des renseignements sur le commandant en second, Jason Pierce.
Le lieutenant Disher s’inquiète pour Monk en apprenant qu’il se trouve dans un sous-marin en plongée. Monk le rassure et lui passe même le docteur Bell au téléphone.
Pendant que Steven aide Nathalie à s’installer dans sa cabine, Monk rend visite au commandant dans la sienne. Monk apprécie la devise inscrite sur un blason « Non pour soi, mais pour la patrie », le commandant lui reproche de ne pas être resté dans la salle des officiers, il n’y a pas d’enquête, le second Pierce s’est suicidé d’après le rapport du NCIS. Il y avait deux autres témoins, ils ont entendu une détonation, il a enfoncé la porte fermée de l’intérieur. Il ajoute que Pierce était un ancien alcoolique et avait recommencé à boire. Il boit une bière dont il jette la bouteille dans la corbeille à papier. Monk s’étonne que ce jour là il y ait eu deux exercices au lieu d’un habituel. Le commandant répond que son job est de former ces gamins au combat. La guerre ne suit aucune règle et lui non plus. Puis il renvoie Monk en lui demandant d’éviter de se rencontrer. Monk, caché par le docteur Bell s’empare de la bouteille de bière pour ils s’esquivent touts les deux.
De retour dans la cabine de Steven, Monk montre à tour de rôle le morceau de plastique recouvert d’adhésif qui correspond à la bouteille de bière. Monk demande son révolver, non chargé au lieutenant, fait entrer le goulot de la bouteille dans le canon, le fixe avec de l’adhésif et présente au docteur Bell, Nathalie et Steven un silencieux. Il demande si quelqu’un d’autre boit de cette bière, Steven répond qu’il s’agit de la réserve personnelle du commandant, personne d’autre n’on boit. Mais pour se suicider, on n’utiliserait pas un silencieux.
Il n’a pas encore trouve pour la porte fermée et la détonation, ni pour pourquoi, mais il est sûr que le commandant est le tueur.
Alors que le sous-marin glisse sous les eaux, Monk essaie de prendre son repas coincé entre deux matelots au réfectoire. L’un lui apprend qu’ils ont percuté une montagne sous-marine mardi dernier, à cause d’une ancienne carte et rassure Monk, de nouvelles cartes ont été fournies, le commandant a témoigné tout le monde a été blanchi. Il apprend que Pierce et le commandant ont fait la guerre du Viêt-Nam ensemble.
Nathalie est allongée sur son lit, Steven vient lui rendre visite sur le prétexte de venir chercher un livre, mais pour passer un petit moment avec elle. Il l’embrasse mais Nathalie s’excuse elle pense tout le temps à Mitch et ne peut pas aller plus loin. Nathalie a parlé à Julie qui a du mal à croire que sa mère appelait d’us sous-marin nucléaire et a demandé une torpille en souvenir.
Pendant ce temps, Monk se fait conduire dans le dortoir jusqu’au lit qui lui a été réservé. Les draps sont propres mais il ne peut s’empêcher de demander une dizaine de fois s’il est plié, à quoi il lui est répondu chaque fois que non mais qu’il est très confortable. Il faut bien sûr trouver un autre lit pour le docteur Bell qui prendra la place du matelot Jonesy, qui s’est tué le jour où le sous-marin a percuté la fameuse montagne. Monk rallume la lumière, La collision avec la montagne et le suicide de Jason Pierce sont intervenus le même jour.
Le lendemain, le lieutenant Disher rappelle Monk. Sa famille affirme que fervent catholique, il ne pouvait pas se suicider. Le lieutenant a réquisitionné son ordinateur, un rendez-vous était programmé avec un avocat de droit pénal la semaine prochaine. L’avocat n’a rien voulu dire, confidentialité avocat-client.
Monk se dirige vers l’armoire des vieilles cartes de navigation. Une boite est vide, et il fait partager sa constatation au docteur Bell.
Le commandant et son nouveau second parle de matériels qu’ils devraient recevoir. Monk arrive avec le carton vide. Le commandant lui rappelle qu’il est consigné dans ses quartiers mais sans se démonter Monk veut le tenir au courant du déroulement de son enquête. Il se rapproche de la vérité. Il a le « qui », le « pourquoi » il manque le « comment ».
Le commandant renvoie son second et demande à Monk de développer sa théorie. Monk l’accuse d’avoir tué le second Pierce. Dernièrement le sous-marin a heurté un récif. Monk ne peut comprendre comment on peut louper une Montagne. Cette erreur mettrait fin à sa carrière. Le commandant a convaincu le second Pierce de le couvrir. Ils ont échangé les cartes pour incriminer des cartes périmées. A la mort du matelot Jonesy, le commandant en second Pierce a changé d’avis et voulait avouer.
Le commandant veut bien reconnaître qu’il aurait pu le faire pour ne pas décevoir son père, sauver sa carrière, protéger sa réputation. Mais la détonation entendue par trois témoins ? Monk n’a rien trouvé encore sur ce sujet. Le commandant répète que Jason Pierce s’est suicidé parce qu’il le dit. Il est un commandant décoré de la Marine des Etats-Unis. Dans ce navire, il est Dieu le père ! Il connaît les peurs, les claustrophobies de Monk, il veut le convaincre qu’il est en pleine dépression ce qui arrive tout le temps dans les sous-marins. Monk veut bien admettre qu’il a quelques problèmes mais dans son enquête, il fait tout sauf délirer. Il demande au docteur Bell de le confirmer, le commandant ouvre de grands yeux, puis sourit devant l’assurance de Monk qu’il va parfaitement bien.
Un mouchoir à la main pour ouvrir la porte, Monk entre chez Nathalie et fait passer le docteur Bell. Monk laisse le docteur Bell annoncer que le commandant a pratiquement avoué, qu’il a répété plusieurs fois qu’il est Dieu sur ce navire et qu’Adrien délire. Il confirme que la réponse doit être dans la cabine du second Pierce. Nathalie qui n’a rien entendu voudrait se faire expliquer, mais Monk est pressé d’y retourner pour la fouiller.
Monk remarque un billet parterre qui leur demande de se rendre dans la section 33. Nathalie ouvre la porte et entre, suivi de Monk qui demande au docteur Bell de rester dehors. Il lui donne le billet, qui bien sûr tombe au sol.
Monk et Nathalie s’avancent dans la pièce, quelqu’un referme la porte sur eux.
Le commandant arrive dans le poste de commandement et donne l’ordre de plonger. Monk et Nathalie réalisent qu’ils se trouvent dans un ballast, l’eau commence à entrer. Monk perd pied en visualisant l’Océan Pacifique en train de les envahir. Paniqués tous les deux, ils se jettent sur la porte l’un en appelant au secours, l’autre en demandant au docteur Bell de l’ouvrir.
Nathalie se calme, Monk sent l’océan entrer dans son pantalon.
Le lieutenant Steven Albright cherche Monk et Nathalie qu’il n’a pas trouvés dans sa cabine. Après avoir demande à un matelot, il se dirige vers leur prison et trouve le mot laissé tomber par le docteur Bell devant la porte. Monk et Nathalie n’ont presque plus d’air. Nathalie se sert de sa ceinture en forme de tube pour aspirer l’air de plus en plus rare, mais Monk refuse catégoriquement de poser ses lèvres sur le tube, plutôt mourir !
Le lieutenant fait irruption au poste de commandement pour signaler deux personnes dans un ballast et ordonner une remontée immédiate. Devant le billet trouvé par Steven, le commandant fait contre mauvaise fortune, bon cœur.
Nathalie et Monk, séché et vêtu de vêtements empruntés reçoivent les excuses du commandant. Monk l’avertit qu’ils savent « qui » « pourquoi » et enfin « comment ».
Dans une pochette en plastique destinée aux indices, un pétard dans une autre des cendres de cigarette. Seven explique que c’était derrière la porte, dans l’aération, Monk ajoute que ça c’est passé dans cette pièce, quelques minutes avant le deuxième exercice.
Le commandant a forcé Pierce à boire de la vodka sous la menace du révolver muni du silencieux fabriqué avec sa bouteille de soda. Il tue le second, personne n’a entendu la détonation. Il a utilisé une cigarette comme mèche. Il possédait environ 5 minutes pour rejoindre le pont. Il a piqué le pétard dans la cigarette, puis les a cachés derrière la porte, pensant que ce serait le dernier endroit où on regarderait. C’était l’alibi parfait. Le commandant était dans le vestibule avec des témoins qui ont entendu ce qu’ils ont pris pour un coup de feu. Il a suffi au commandant de glisser la clé dans la poche de Pierce quand personne ne regardait. Nathalie propose d’envoyer une empreinte de pouce par fax au NCIS, qui a signalé que l’analyse prendrait une demi-heure.
Le commandant répond que cela ne sera pas nécessaire. Le lieutenant Steven Albright relève Whitekar de son commandement et le consigne dans ses quartiers.
Le commandant félicite Monk et espère que le reste de la Marine fait aussi bien son boulot que lui. Le commandant fait un salut militaire auquel Monk répond timidement, puis se retire escorté des matelots venus le mettre aux arrêts.
Toujours en compagnie du Docteur Bell, Nathalie et Monk vont pouvoir débarquer.
Steven apprend à Nathalie que le sous-marin va appareiller à nouveau dès le lendemain jusqu’en décembre. Nathalie lui propose de venir à la maison pour Noël. Steven accepte estimant qu’il s’agit là d’un pas en avant. Plus loi, le docteur Bell félicite Adrien, il est épaté et très fier de son client. Il s’en est tiré à merveille et dans les pires conditions. Monk remercie le thérapeute en lui assurant qu’il n’y serait pas arrivé sans lui.
Le lieutenant Disher est venu les chercher, il constate que Monk était vraiment dans un sous-marin. Monk confie que c’était une expérience horrible, il était mort de peur à chaque instant. Le lieutenant veut visiter l’intérieur et s’éloigne.
Le docteur Bell en personne arrive il souhaite entendre toute l’histoire. Monk n’en croit pas ses oreilles, il lui rappelle qu’il était là. Il entre dans son jeu, il était là mais il faudrait lui rappeler quelques détails. Monk est étonné, ça vient de se passer, il n’a pas pu oublier quoi que ce soit. Le docteur Bell juge que c’est un peu confus. Monk trouve curieux la manière de fonctionner des esprits
Nathalie s’éloigne un peu à regret de Steven, mais ils se promettent de se revoir à Noël.
